グラフ（ネットワーク）の可視化及び分析プログラムGephi 📂グラフ理論

グラフ（ネットワーク）の可視化及び分析プログラムGephi

はじめに

Gephiは、グラフ(ネットワーク)分析のためのオープンソースで、無料のプログラムで、特に視覚化の面で大きな強みを持っている。ウィンドウ、マック、リナックスをサポートしている。

NetworkXで適当にグラフを一つ作ってgexfファイルに保存しよう。

>>> import networkx as nx
>>> G = nx.gnm_random_graph(100,200)
>>> nx.info(G)
'Graph with 100 nodes and 200 edges'
>>> nx.write_gexf(G, 'graph.gexf')

図1.png

gexfファイルを選択すると、簡単にグラフに関する情報が出る。OKを押すと、下記のようにグラフが視覚化される。

図2.png

デフォルトで描かれたグラフは醜いので、nodesのcolor, sizeタブで次数に応じて色とサイズが異なるように適用し、Yifan Huレイアウトを適用すると次のように表示される。

図3.png

また、右のStatisticsタブで平均次数、直径、modularityなどを計算することができる。

図4.png