アルゴリズム

数理的アルゴリズム

• アルゴリズムのコストに関する漸近記法
• 時間複雑度と空間複雑度
• 動的プログラミング
  • 再帰関数を使う際の注意点
• グリーディアルゴリズム

ソートアルゴリズム

• 比較ソートアルゴリズムの時間複雑度
• 比較ソートアルゴリズムの時間複雑度の下限
• 基数ソート
• スターリンソート

文字列処理

• 文字列の編集距離
  • レーベンシュタインアルゴリズム
• n-グラムとジャカード係数
• ヒープの法則
• ジップの法則

バイオインフォマティクス

• 分子生物学の中心原理
• バイオインフォマティクスにおける原核生物と真核生物
• バイオインフォマティクスにおけるDNA, RNA, 染色体
  • バイオインフォマティクスにおける主要塩基と塩基対
  • バイオインフォマティクスにおけるイントロンとエクソン
  • バイオインフォマティクスにおけるゲノムと遺伝子
• バイオインフォマティクスにおける塩基配列
  • 塩基配列の上流と下流
  • バイオインフォマティクスにおけるコドンとアミノ酸の遺伝暗号
• 配列アラインメントとは？
  • 配列アラインメントスコアとギャップペナルティ
  • 配列アラインメントの置換行列
  • ニードルマン-ウンシュアルゴリズム: 全体配列アラインメント
  • スミス-ウォーターマンアルゴリズム: 局所配列アラインメント

主要参考文献

• 문병로. (2018). 쉽게 배우는 알고리즘: 관계 중심의 사고법
• Del C. Jones, Pavel A. Pevzner. (2009). An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology)